《命令与征服3》的故事发生在2047年，当时出现了特殊的“泰伯伦矿”，是一种污染地球、具自行复制能力的外星物质，由于此物质的蔓延，令地球陷入放射冰河时期。而由世界先进国家组成的高科技联盟“GDI”，正努力抑制泰伯伦矿的增生。然而，NOD兄弟会的狂人领袖Kane则对地球有另一番规划，决意使用泰伯伦矿支配及改造人类，实践其疯狂邪恶的梦想。一场涉及地球命运的战争，全面开打。