《分裂细胞:双重间谍》和《明日潘多拉》一样，在对抗模式里玩家被分为雇佣兵和间谍两组进行猫捉老鼠的游戏，每队玩家需要使用自己的技能完成自己的任务。间谍采用通常的第三人称视角进行游戏，他们可以攀爬各种障碍物，也可以在通风管道里穿行。而雇佣兵使用第一人称视角，通过使用各种重武器和辅助设备来消灭间谍，间谍的任务是破解计算机偷取数据，而雇佣兵的工作就是尽可能的阻止他们。

　　每张地图有四台包含机密文件的计算机，间谍需要成功的破解其中两台，盗取数据并返回撤离点来赢得游戏。而雇佣兵需要在他们盗取数据逃脱前消灭他们。玩家的地图上都会显示队友和四台计算机的位置，当其中某台被解开的时候它的图标会闪烁，所以玩家可以在任何时间轻易的发现哪台计算机被激活。

　　《双重间谍》也为双方增加了新的技能和技术来对抗对方，双方使用这些能力依然能够使得游戏保持微妙的平衡。间谍新的黑客工具使得其可以在远距离破解计算机，当然它需要花费更多的时间来破解和下载数据，在你手臂上的屏幕上会显示其进度，远程破解也许要多花费你几分钟时间，但这样的确可以增加你幸存的机率。而雇佣兵就需要找出你是在那破解。